Az orgona egy ismeretlen osztrák mester műve, 1700-1750 körüli. 1848-ban adományozta a széki római katolikus templomnak egy bécsben élő magyar. Szerkezete mechanikus, csúszkaládás, 1 manuálos, 6 regiszteres: Gedakt 8’, Rohrflöte 4’, Prinzipal 4’, Octav 2’, Quinte 1 1/3’, Mixtur x2, hangterjedelem CDEFF#G#ABHc – c’’’ , légnyomás 70 mm v.o. , hangmagasság 9 Celsius fokon, 68 % páratartalomnál, a = 455 Hz. A klaviatúra különlegessége, hogy rövid és törtoktávos mély oktávban. Ez igen ritka fajta billentyűzet még a legrégibb orgonák közt is.
Nem lehet tudni, hogy mikor, a hangszeren nagy átalakítást végeztek. A bútorzatnak csak a felső része maradt meg eredeti állapotban, a szélláda magasságától kezdve lefele új, szakszerűtlen és csúnya bútor részek lettek összetoldva. Az orgona belsejébe kétoldalt másfél oktávnyi pedál fasípot helyeztek két új szélládára, csúnya traktúrarendszerrel elvezetve. A regisztermechanika át lett alakítva. Egész biztos ekkor építették be a tartályfúvót is. A bútoron két réteg olajfesték fedte az eredeti színeket.
Javítás előtt az orgona körülbelül 100 évet teljesen használhatatlan állapotban volt. Nem találtunk senkit Széken, aki emlékezne, hogy valaha szólt volna a templom orgonája. A mechanika használhatatlan volt, a farészek igen szuvasak, a fasípok repedtek, töröttek, a fémsípok igen rossz állapotban, összevagdosva, főleg a homlokzatban, a fémalkatrészek rozsdásak, a billentyűzet darabokban, a fúvó szakadt, a bútorzat töredezett, rengeteg fém- és fasíp hiányzott. Szerencsére megmaradtak azon orgonarészek, amik megadják a helyes restaurálás irányát: szélláda, sípok, bútor felső része, billetyűzet.
Az újjáépítés alkalmával eltávolítottam minden nem eredeti részt, alkatrészt. A bútorzat alsó része új, barokkos. Restauráltam a szélládát, a szelepeket, a síptőkéket, a klaviatúrát. Restauráltam a sípokat, a hiányzók helyébe újakat készítettem az orgona belsejébe és a homlokzatba. Restauráltam a díszeket és a festést. Új fújtatómotort szereltem be. Mivel az eredeti fúvó nem maradt meg, új, kis légnyomás-szabályzó fúvót építettem új szélcsatorna rendszerrel. A velatúrát restauráltam, részben újjáépítettem. A regisztermechanika teljes mértékben új.
A székiek először életükben halhatták megszólalni a templom orgonáját a felavatáson, amelyet ft. dr. Kerekes László gyulafehérvári segédpüspök tartott, több vendég pappal együtt, valamint fr. Albert dési-széki plébánossal, aki az orgona és az egész templom restaurálását kezdeményezte és lebonyolította.. Az ünnepi szentmise előtt egy órás orgonakoncert hagzott el, így többen is megszólaltathatták a hangszert: Horváth József-Zoltán – a széki református egyház kántora, Töttösy Norbert – karnagy, besztercei kántor, Gráff Zoltán – dési és széki kántor, Kovács Tibor – orgonaépítő, valkói kántor, valamint volt széki kántor és Pozsár Róbert – orgonista, orgonaépítő.
